管理發展中心使命為推動北醫醫療體系發展、開發及統合資源，以提高附屬醫院管理能力與經營績效，並擴大醫療照護版圖，建構完善北醫醫療健康產業鏈。
中心設置六個任務編組，包括營運績效組、醫務行政組、資訊發展組、聯合採購組、醫療發展組及遠距服務中心，研擬體系發展規劃，負責各項業務研議及推動；並設有十大機能小組(醫事、企劃、財會、人力發展、醫品、醫務、護理、資訊、總務營繕及事業發展等)，為附屬醫院資源調度、溝通協調之整合平臺。
臺北醫學大學醫療體系近年已發展為一校六附屬醫院規模，屬於中大型企業體能量，在董事會及校長擘畫之下，未來會更加快、加大步伐成長，管發中心的任務是協助北醫大醫療機構以更有效率及目標導向的整合性擴展、展現出屬於北醫的文化特色，有別於由政府支持的公家醫療機構及財團支援的私立醫療機構。
管發中心和北醫所屬醫療機構致力於創新智能，精進核心，朝向跨越變革及永續經營邁進！