管理發展中心以推動北醫醫療體系整體發展為使命，透過資源開發與整合，提升附屬醫院管理效能與經營績效，拓展醫療服務版圖，建構完善的北醫醫療健康產業鏈。
中心設有四個常設單位：營運績效組、醫務行政組、聯合採購組及醫療發展組；並依業務需求設置五個任務編組，包括遠距服務中心、藥事管理組、人力管理組、護理管理組及總務管理組，負責體系發展規劃與各項業務推動。同時成立七大機能小組（醫事、企劃、財會、教育、醫務醫品、資訊及遠距），作為附屬醫院資源整合與溝通協調之平台。
隨著臺北醫學大學醫療體系發展為一校六附屬醫院的中大型醫療體系，在董事會與校長的擘畫下，未來將持續加速成長。管理發展中心肩負協助體系以更高效率、目標導向方式進行整合擴展，展現北醫獨有的文化特色，並與公立及財團型醫療機構形成差異化。
管理發展中心攜手北醫各醫療機構，持續推動創新與智慧化發展，強化核心競爭力，邁向永續經營與跨越式成長。